Ingénieur en Éco-Acoustique des Pollinisateurs H/F - Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN)

Contexte :
La détection de sons de bourdonnement a ouvert la voie à de nouvelles méthodes d'échantillonnages et de suivis des pollinisateurs. Ce groupe très divers d'insectes fournit des services écosystèmiques essentiels aux milieux agricoles, et concentre d'importants enjeux de conservation. Dans ce contexte, le CESCO développe des outils permettant la détection automatique de l'activité acoustique enregistrée (Crochard et al. 2026). Après de premiers tests concluants sur les champs de tournesol et de colza de la zone atelier de Chizé, il s'avère possible d'entrainer des modèles permettant de différencier de nombreux taxons (bourdons, abeilles, syrphes, etc).
Dans le cadre du PEPR BIODICAPT, le CESCO collabore avec de nombreuses autres unités de recherche pour élaborer de nouveaux protocoles de suivis de la biodiversité, appliqués aux milieux agricoles. Un plan d'échantillonnage acoustique ambitieux a été mis en oeuvre sur 9 zones ateliers à travers la France, il cible de nombreux taxons : oiseaux, chauves-souris, sauterelles, micromammifères et pollinisateurs.
Concernant ce dernier groupe, les outils actuellement disponibles ne permettent pas de distinguer la plupart des taxons fréquentant les paysages agricoles, il s'avère donc nécessaire de les améliorer. Le principal levier pour ce faire reste actuellement de collecter et annoter des données de référence.

Mission:

Dans ce cadre, le laboratoire recrute un-e ingénieur-e écologue ayant des compétences en bio/écoacoustique, analyse de spectrogramme notamment. Une relative aisance dans l'utilisation de grands jeux de données sera nécessaire et des compétences en programmation seraient appréciées (R et/ou Python).

Les taches s'articuleront sur 4 axes:

1) L'annotation de données de capteurs déjà collectées par l'équipe et ses partenaires
2) La collecte de données de référence sur le terrain pour compléter les contextes et les taxons
3) Le test des algorithmes dans un maximum de contexte différents à partir des données collectées dans le PEPR Biodicapt.
4) Une fois les algorithmes optimisés, l'ingénieur-re réalisera une analyse approfondie de ces données et étudiera les liens entre les activités acoustiques des pollinisateurs mesurées et l'environnement des parcelles agricoles échantillonnées (paysages, pratiques, etc.)

On étudiera aussi la faisabilité d'une articulation avec les programmes participatifs animés par le CESCO, notamment le Spipoll, pour augmenter la collecte de données de référence et/ou l'annotation.

L'ingénieur-e travaillera également à la constitution d'une base de données optimisée (élimination des fichiers non utilisables, vérification des métadonnées, homogénéisation des types de fichier, qualification des enregistrements, des biais de masquage dus aux intempéries, d'atténuation atmosphérique, etc.) et à la gestion de la base de données finale après annotation/analyse pour partage avec les collaborateur-rices du PEPR Biodicapt.

• Ingénieur-e écologue ayant des compétences en bio/écoacoustique
• Formation en écologie
• Bonne expérience en analyse de spectrogramme
• Bonne expérience en manipulation et visualisation de grand jeux de données
• Bases en analyses de données et biostatistiques
• Bases en programmation
• Intérêt pour la macro-écologie et l'éco-acoustique